Bei funktionellen Testmustern besteht die Gefahr, dass die Schaltung nur bezüglich einer beabsichtigten bzw. vorhersehbaren Funktion getestet wird. So bleiben leicht Fehler für "nicht vorhergesehene" Eingangsbelegungen unentdeckt.
Größter Nachteil funktioneller Testmuster ist, dass wegen eines fehlenden Fehlermodells keine Aussage über die Qualität einer Menge von Testmustern (Testmustersatz) gemacht werden kann.